Le Conseil de fondation de l’EPER compte 12 membres. L’une de ces personnes est nommée par l’Église évangélique réformée de Suisse (EERS) tandis que les autres membres, y compris le président, sont élus par l’Assemblée des délégués de l’EERS. Leur mandat dure quatre ans. Actuellement, six femmes et six hommes siègent au Conseil de fondation.
Le Conseil de fondation veille à ce que les objectifs de l’EPER fixés dans la charte et dans les statuts de la fondation soient poursuivis de manière durable, conformément à ses objectifs et en lien avec l’EERS et les Églises membres de cette dernière.